Le bon fonctionnement des réseaux est un préalable indispensable aux fonctionnements des usines d'épuration.

Afin de coordonner, hiérarchiser et optimiser leurs actions, les collectivités établissent des schémas directeurs d'assainissement qui permettent à la fois l'élaboration d'un programme pluri-annuel de travaux mais aussi le zonage d'assainissement qui déterminera les zones en assainissement collectif et celles qui restent en assainissement non collectif.

26 stations d’épuration du Val d’Oise ont été construites avant 1980. Même si ces stations ne représentent que 12 % de la capacité de traitement du département, le fonctionnement de ces stations, principalement implantées en milieu rural est difficile. L’extension des zones de collecte notamment en vallée de l’Oise rend également nécessaire la réhabilitation des stations existantes.

En zone urbaine, les quantités d’eau collectées nécessitent une gestion optimale des réseaux. Les surfaces imperméabilisées importantes de ces secteurs font de la collecte des eaux pluviales un enjeu majeur : à la fois afin de limiter les risques de débordement des réseaux ou la mise en œuvre de réseaux de collecte démesurés et coûteux, mais aussi afin de limiter l’impact de ces eaux sur le milieu naturel (rejet direct ou mélange avec des eaux usées).
Des solutions existent aujourd’hui pour traiter les eaux pluviales " à la parcelle ", ainsi infiltrations ou stockages permettent de ne pas engorger les réseaux d’eau pluviales mais également de pouvoir bénéficier d’une réserve d’eau gratuite pour l’arrosage notamment.

La maîtrise de l’impact des eaux usées non domestiques (eaux industrielles) sur le fonctionnement des réseaux, des usines de traitement et de la qualité des boues, constitue un enjeu fort des zones urbanisées et plus généralement des zones où l’activité économique est dense (ZAE). La mise en place de convention de déversement et d’autorisation de rejet constitue un chantier important pour les collectivités gestionnaires des réseaux de collecte.
Comme pour les autres domaines de l’eau, la mise en œuvre de solution globale et concertée à l’échelle du bassin versant pour les eaux pluviales et de la zone de collecte pour les eaux usées.

Le Laboratoire Départemental d'analyse de l'eau

Le Conseil général dispose d'un laboratoire départemental d'analyse de l'eau qui lui fournit toutes les données dont il a besoin pour mener à bien sa politique dans ce domaine.

- Il participe au suivi du fonctionnement des stations d'épuration du Département, en analysant les rejets en entrée et sortie.
- Il intervient également au niveau des collèges pour la recherche des légionelles dans les circuits d'eau chaude sanitaires.
- Il assure la surveillance de la qualité bactériologique de l'eau des fontaines réfrigérées installées dans les bâtiments départementaux.
- Il suit la qualité des eaux de surface du PNR du Vexin.
- Il intervient aussi pour le compte de partenaires publics et privés : ARS (Agence Régionale de Santé, anciennement DDASS), DDEA, collectivités, hôpitaux, cabinets d'études, industriels, particuliers.

Ainsi en 2009 le Conseil général a signé une convention de partenariat public-privé avec le laboratoire IPL santé, environnement durable en vue d'obtenir le marché du contrôle sanitaire des eaux potables du département.

Depuis juillet 2003, le laboratoire est accrédité par le Comité Français d'Accréditation (COFRAC) selon la norme internationale NF EN ISO/CEI 17025 : prescriptions générales concernant la compétence des laboratoires d'étalonnage et d'essais. Accréditation qui a été renouvelée en 2008 pour une période de 5 ans

Tarif 2010 du Laboratoire départemental